Почему трояны остаются на компьютере даже после полной переустановки операционной системы?

Трояны могут оставаться на компьютере даже после полной переустановки операционной системы по нескольким причинам:

• Наличие заражённых файлов. ru.stackoverflow.com Переустановка удаляет вирусы, которые содержались в файлах системы, но из каких-либо заражённых файлов, флешек и т. д. вредоносный код не удаляется. ru.stackoverflow.com
• Сохранение в основных загрузочных записях. superuser.com В них также могут быть вирусы, и MBR не всегда перезаписывается при переустановке. superuser.com
• Встроенность в прошивку UEFI. www.cybersport.ru Например, программа CosmicStrand сохраняется во флеш-памяти на материнской плате, из-за чего уже перед первой загрузкой она способна обойти практически все программные защитные механизмы. www.cybersport.ru

Для удаления троянов рекомендуется использовать антивирусное и антишпионское ПО. ru.wikipedia.org