Температура воды в море Лаптевых отличается от других северных морей тем, что большую часть года акватория его покрыта льдом. 4 На протяжении большей части года температура воды близка к точке замерзания. 4

В зимний период подо льдом температура воды составляет от −0,8 °C в юго-восточной части до −1,8 °C. 1 Выше глубины 100 метров весь слой воды имеет отрицательные температуры (до −1,8 °C). 1

Летом в свободных ото льда районах моря самый верхний слой воды может прогреваться до 4–6 °C, в заливах до 8–10 °C, но остаётся близкой к 0 °C подо льдом. 1

В глубоководной зоне моря на глубине 250–300 метров находятся поступающие из арктических акваторий Атлантики относительно тёплые воды (до 1,5 °C). 1 Ниже этого слоя температура воды вновь становится отрицательной до самого дна, где составляет около −0,8 °C. 1