Температура в Кунгурской пещере отличается в разных её частях из-за особенностей циркуляции воздуха. 1 Большое количество трещин и трубок, пронизывающих верхний слой пещеры толщиной примерно в 80 метров, влияют на это в процессе смены сезонов. 1

В холодное время года воздушные потоки движутся от входа внутрь горы, а летом происходит движение в обратную сторону. 1 В зимнюю стужу стенки гротов становятся очень холодными, вплоть до -10 °C, а при лютых морозах воздух достигает -30 °C. 1 Однако в глубоких частях пещеры теплее. 1

В центральной части пещеры температура всегда стабильна: +5–+7 °C. 3

Также на температуру влияет то, что естественный воздух проникает вглубь пещеры через «органные трубы». 2