Обыкновенный таймень считается редкой рыбой в наше время по нескольким причинам:

• Бесконтрольная спортивная рыбалка. 14 Как легальная, так и нелегальная добыча тайменя приводит к сокращению его численности. 1
• Загрязнение водных ресурсов. 1 Удобрения и промышленные отходы негативно влияют на состав и температуру воды в реках и озёрах. 3
• Сооружение искусственных преград. 1 Плотины и дороги, а также добыча природных ископаемых сужают ареал обитания тайменя. 13
• Глобальное потепление. 13 Из-за него меняется формула воды. 1

На международном уровне таймень относится к уязвимым видам, численность которых уменьшается практически повсеместно. 1 Он занесён в Красную книгу России и находится под особой защитой во многих регионах. 1