Строительство Саяно-Шушенской ГЭС повлияло на экосистему реки Енисей по нескольким причинам:

• Затопление заповедных мест. 1 Чтобы построить водохранилище, в Красноярском крае пришлось затопить 1,2% заповедных мест. 1 Не все животные смогли приспособиться к изменившимся условиям: например, пропали лисы и барсуки, так как из-за грязи вокруг водоёма они отказались подходить к нему. 1
• Изменение растительного покрова. 34 В зоне действия водохранилища возникли экосистемы с переменным режимом затопления и увлажнения. 4 Это привело к сдвигу видового состава растительного покрова: увеличилось количество мезогигрофитов, мезофитов, гигрофитов, рудеральных сорных видов, уменьшилось количество ксерофитов, ксеромезофитов и произошло полное исчезновение некоторых степных экосистем. 3
• Сокращение площади сельскохозяйственных земель. 4 Залились поймы, служившие источником хороших кормов для животноводства, и значительная территория надпойменных террас. 4 Плодородные угодья: пашни, пастбища и сенокосы были потеряны. 4 Вместо них в сельскохозяйственное использование вовлечены малоплодородные земли. 4
• Влияние на микроклимат. 2 Образование водохранилища и полыньи в нижнем бьефе оказало влияние на микроклимат прилегающих территорий: снизился градиент температур воздуха, возросла влажность воздуха, над руслом реки в зимний период усилилось образование туманов. 2