Строительство Чебоксарской ГЭС считается одним из сложных и противоречивых процессов в России по нескольким причинам:

• Расположение на «мягких» грунтах. 4 Для обеспечения прочности и устойчивости сооружений пришлось принимать инженерные решения. 4 Основные бетонные сооружения располагались у правого берега, поэтому потребовалось расчистить левобережье. 4
• Необходимость в большом количестве инженерных защит. 2 Проектом предусматривалось множество дамб, дренажей, насосных станций и укреплений берегов, которые должны были защищать от затопления водохранилищем населённые пункты, архитектурные памятники и ценные сельскохозяйственные земли. 2
• Недостаток финансирования. 34 В первые годы строительства станции финансирование было недостаточным, что привело к увеличению сроков возведения гидроузла. 4
• Противоречия между регионами. 1 Подъём уровня водохранилища до проектной отметки (68 м), изначально запланированный на 1987 год, сдерживался неготовностью комплекса инженерной защиты, а затем — разногласиями между регионами по поводу уровня водохранилища. 1

В результате с 1981 года Чебоксарская ГЭС функционирует на пониженной отметке 63 метра в условиях незавершённого обустройства зоны водохранилища, что вызывает ряд экономических и экологических проблем. 1