Среднесибирское плоскогорье отличается более суровым климатом, чем Восточно-Европейская равнина, из-за географического положения в средней части Северной Азии, удалённости от тёплых морей и воздействия Северного Ледовитого океана. 2

Климат на всей территории плоскогорья резко континентальный, с большими амплитудами температур тёплого и холодного сезонов года, умеренным, а местами и небольшим количеством осадков, которые распределяются по сезонам очень неравномерно. 2

Также на климат разных частей плоскогорья, на количество осадков и зимних антициклональных инверсий влияние оказывают глубокие долины рек и среднегорье. 1

На юге и юго-западе, ближе к Байкалу и границе с Восточно-Сибирской равниной, климат мягче: зимой в районе -22 °С, летом около +25 °С. 4