Среднеазиатскую черепаху считают уязвимым видом по нескольким причинам:

• Разрушение или уничтожение местообитаний. 2 К этому приводят распашка земель, скотоводство, урбанизация. 2 Также черепахи гибнут в траншеях, которые фермеры вырывают для ограждения своих полей. 2
• Нелегальное изъятие животных из природы. 24 В Казахстане среднеазиатская черепаха часто становится объектом международной нелегальной торговли. 2 Это влияет на популяцию: она не только становится меньше, но и резко меняются её половая и возрастная характеристики. 1
• Проблема воспроизводства. 1 Из-за того, что в зооторговле спрос преимущественно на более мелких по размеру черепах, природные популяции лишаются более молодых особей обоих полов и взрослых самцов. 2 Это приводит к нарушению полового состава популяции и сказывается на темпах её восстановления в будущем. 2

Среднеазиатская черепаха включена в Красный список Международного союза охраны природы как уязвимый вид. 2