Средиземноморскую черепаху называют уязвимым видом по нескольким причинам:

• Сокращение ареала. 12 Некогда единый ареал обитания черепах сейчас фрагментирован и продолжает уменьшаться. 2 Например, черепаха почти полностью исчезла на отрезке побережья от Туапсе до Адлера. 1
• Неконтролируемый вылов. 1 Туристы и курортники отлавливают животных и увозят их в качестве живых сувениров. 2
• Уничтожение мест обитания. 2 Это происходит из-за застройки, расширения сельхозугодий и интенсивного рекреационного использования территории. 2
• Гибель во время лесных пожаров. 2
• Браконьерство. 4 В качестве причин указывается утрата мест обитания, браконьерство, бесконтрольный вывоз и продажа, нападение хищников. 4

Средиземноморская черепаха занесена в Международную Красную книгу, Красную книгу РФ и Красную книгу Краснодарского края. 23