Средиземноморская черепаха занесена в Красную книгу, потому что численность этого вида сокращается, отдельные популяции находятся на грани исчезновения. 5

Некоторые причины сокращения численности:

• Утрата мест обитания. 2 Населённые пункты разрастаются, поглощая пологие прибрежные склоны, старые поля и виноградники. 3
• Незаконный отлов. 3 Животных отлавливают для содержания дома, что приводит к сокращению популяции. 4
• Нападение хищников. 2 Многие молодые черепашата становятся добычей синантропных животных — свиней, собак, ворон, крыс. 3
• Рост автотрафика. 4 Из-за роста количества автомобилей черепахи чаще гибнут на дорогах. 4
• Механическая обработка почвы. 5 При таком способе уничтожаются кладки черепах. 5

Средиземноморская черепаха также включена в Красный список Международного союза охраны природы (МСОП) в категории «Уязвимые». 3