Средиземноморская черепаха Никольского считается исчезающим видом по нескольким причинам:

• Антропогенная трансформация мест обитания. 1 Застройка, расширение дорожной сети приводят к уменьшению и фрагментации ареала вида. 1
• Незаконный вылов. 24 Контрабандисты отлавливают черепах в местах их естественного обитания и в варварских условиях перевозят к месту продажи. 3
• Рост автотрафика. 5 Из-за него черепахи часто гибнут на дорогах. 5

Вид занесён в Красные книги Краснодарского края, РФ и международную Красную книгу. 1

Для сохранения популяции средиземноморской черепахи Никольского на территории Абраусского полуострова создан заповедник «Утриш». 4