Скотомогильники представляют опасность для окружающей среды по нескольким причинам:

• Загрязнение почвы и воды опасными микроорганизмами. 4 После смерти животного в его организме происходит разложение клеток, в землю попадают стрептококки, стафилококки, кишечные палочки и сальмонеллы. 1 Если скотомогильник размывает, вредные бактерии разносятся по сточным водам и водоёмам, где купаются люди. 1
• Распространение инфекционных заболеваний. 13 В скотомогильниках могут находиться сибирская язва, бруцеллёз, африканская чума свиней. 1 Споры сибирской язвы способны выживать в течение десятков лет, а при благоприятных условиях — даже сотен лет. 1
• Образование биогаза. 3 Неутилизированные отходы в процессе гниения образуют биогаз, который опасен для здоровья человека, а в больших концентрациях может приводить к смерти. 3
• Отравление плодородного слоя почвы. 3 Скотомогильники на многие десятилетия исключают ценные земли из сельхозоборота. 3