Скотомогильники нельзя строить рядом с водоёмами, потому что это может привести к загрязнению грунтовых вод. 3 Для предотвращения такого загрязнения под скотомогильником должен быть изоляционный слой. 3 Если его не сделать, перехватить опасное загрязнение крайне сложно. 3

Согласно санитарным требованиям, скотомогильник должен быть расположен на расстоянии не менее 500 метров от жилых, животноводческих построек, скотопрогонных трактов, проезжих дорог, рек, прудов и других водоёмов. 3

Также размещение скотомогильников запрещено в водоохранной, лесопарковой и заповедной зонах. 25 Это предусмотрено Водным кодексом Российской Федерации и ветеринарно-санитарными правилами сбора, утилизации и уничтожения биологических отходов. 15