Шорский национальный парк считается важной природной территорией для сохранения редких видов растений и животных по нескольким причинам:

• Наличие реликтовой черневой тайги. 14 Это редчайшая экосистема, которая сохранила элементы широколиственных лесов, существовавших здесь в период неогена — эпохи, завершившейся 2,5 млн лет назад. 13
• Разнообразие флоры. 2 На территории национального парка выявлено более 60 редких и исчезающих видов растений, занесённых в Красные книги России и Кемеровской области. 2 Среди них — саранка (лилия кудреватая), кандык сибирский, княжик сибирский, родиола розовая, тимьян сибирский и другие. 2
• Наличие уникальных экосистем. 4 В парке встречаются петрофитные растительные группировки на скалах и осыпях, которые включают редкие и эндемичные виды флоры. 4
• Благоприятные условия для обитания животных. 4 Большое количество пещер создаёт уникальные условия для обитания и зимовок популяций рукокрылых, в том числе и редких их видов. 4
• Восстановление нарушенных экосистем. 4 В связи с прекращением рубок и добычи полезных ископаемых на территории национального парка идут процессы восстановления нарушенных экосистем. 4