Стерлитамакские шиханы считаются геологическими памятниками природы, потому что они представляют собой остатки рифов древних морей. 2 В результате тектонических движений более 20 млн лет назад они были выдвинуты на земную поверхность, что позволило геологам изучить рифовые постройки в деталях. 1

Например, по склонам шихана Тратау обнажён геологический разрез от верхнего карбона до нижней перми. 1 Геологические разрезы стерлитамакских шиханов вошли в мировую научную литературу и отражены в Международной стратиграфической шкале. 1

Кроме того, на склонах шиханов встречаются редкие растения, занесённые в Красную книгу. 1 Например, около 20 видов растений со склонов шиханов занесены в Красную книгу Республики Башкортостан, а восемь — в Красную книгу Российской Федерации. 3