Шхеры считаются одними из самых сложных акваторий для судоходства по нескольким причинам:

• Большое количество островов, скал и камней. 2 Любой неправильный курс может привести к столкновению с одним из многочисленных островков. 1
• Узкие и извилистые фарватеры. 14 Они затрудняют выбор места якорной стоянки на случай непогоды, тумана и т. п.. 2
• Приливно-отливные явления. 2 В шхерах, находящихся в зоне их действия, наблюдаются большие скорости течения. 2
• Малоизученность районов. 2 Карты этих мест могут быть недостоверны. 2

Особенно сложными для судоходства считаются районы финских и Або-Оландских шхер. 13