Шхерный район Ладоги считается важным для сохранения флоры и фауны озера по нескольким причинам:

• Разнообразие местообитаний. 1 На территории шхер есть сосновые и еловые леса, болота разных типов, скальные безлесные острова, каменистые, глыбовые и песчаные берега. 1 Это обеспечивает возможность обитания большого количества видов животных и растений. 1
• Наличие редких и охраняемых видов. 13 На территории шхер насчитывается больше двухсот видов редкой растительности, а краснокнижной живности — млекопитающих, рыб, птиц, насекомых — около ста видов. 1 Некоторые из них включены в перечни Красных книг России, Карелии и Восточной Фенноскандии. 3
• Место размножения и нагула ладожского подвида кольчатой нерпы. 35 Этот вид внесён в Красные книги МСОП, Российской Федерации и Республики Карелия. 5

Для сохранения уникальных природных комплексов шхерного района Ладоги создан национальный парк «Ладожские шхеры». 5