Шегарский район считается важным автотранспортным узлом в Томской области, потому что в его районном центре (селе Мельниково) сходятся автотрассы федерального подчинения. 12 Они ведут на юг — в Новосибирскую область далее на Алтай, на запад — до Бакчара, Парабели и Кедрового, на север — до Колпашево и Каргаска и на восток — до Томска с выходом на Транссибирскую магистраль. 1

Кроме того, через территорию района проходят два трубопровода, поставляющие нефть и газ предприятиям Томска и Кузбасса. 3