Шафран прекрасный считается редким растением в России из-за массовой выемки луковиц для цветочных рынков. 1 Это привело к серьёзному снижению численности растения. 1

Также численность шафрана прекрасного сокращается из-за деятельности человека: вырубка лесов и строительство сокращают площадь территорий, на которых может расти растение. 3