Северная часть Ладожского озера глубже южной из-за особенностей рельефа дна. 3 В северной части оно неровное, изборождённое впадинами, а в южной — более спокойное и сглаженное. 4

Причиной тому является происхождение поверхности, покрытой позже озёрными водами. 1 Часть её изначально была морской, а часть — Балтийским кристаллическим щитом, то есть поднятием, образованным породами, вылезшими из трещины в Восточно-Европейской платформе. 1 Тут и есть самая глубокая впадина. 1 Дальше плавно набирает высоту шельф указанной платформы, и с северных берегов уклон его идёт в несколько раз круче, чем с южных. 1

Также существует теория, что северная часть озера имеет метеоритное происхождение и была сформирована в результате падения 80-километрового в диаметре метеорита, который упал порядка 38 тысяч лет назад. 2