Селигер считается природным лабиринтом из-за сложного устройства водной системы. 3
Озеро представляет собой систему озёр, соединённых между собой протоками. 3 Многие из них имеют собственные названия. 3 В состав Селигера входит более 160 островов, десяток плёсов и 12 озёр. 3
Своей необычной формой озеро обязано леднику, который сковывал Восточно-Европейскую равнину тысячи лет. 2 Он начал таять около 20–25 тысяч лет назад и во время схода оставлял после себя огромные углубления, которые заполнялись водой. 2 Незатопленные участки суши становились островками. 2
Известный путешественник и журналист Василий Песков писал о Селигере так: «Селигер вызывает в памяти лабиринт Эрмитажа — сотни причудливых «помещений», переходящих одно в другое — протоки, заливы, тайные устья речек, плёсы, мыски, острова». 4