Несколько возможных причин, по которым с сайтов может исчезнуть пагинация:

• Использование JS-фреймворков. 1 В таких сайтах контент подгружается по запросу пользователя, поэтому разделять его на страницы нет смысла. 1
• Устарелый формат структурирования контента. 1 Сейчас используются фильтры, сортировки, тегирование, блоки связанного и похожего контента. 1 Такие страницы могут продвигаться самостоятельно, а страницы пагинации — нет, они не имеют самостоятельной ценности. 1
• Проблемы с плагинами. 23 Например, если при переезде сайта не были указаны права на папку с кэшем или плагин SEOstrcitUrl переписывал URL по правилам апача на тестовом сервере, а на новом сервере правила перезаписи URL работали иначе, ссылки пагинации создавались неправильно. 3

Для решения проблемы с исчезновением пагинации рекомендуется обратиться к специалисту.