Рыбный филин считается редкой птицей в Приморье по нескольким причинам:

• Изменение русла рек и гибель деревьев. 1 Это мешает рыбному филину, который гнездится исключительно в дуплах деревьев. 1
• Деятельность человека. 1 Рубки леса, рыбалка и браконьерство сокращают кормовую базу птиц. 1
• Гибель от автомобилей. 1 Птицы тяготеют к лужам на обочинах дорог в период пробуждения лягушек после зимовок, и даже при низких скоростях избежать столкновения не всегда удаётся. 1

По данным Международной красной книги, популяция рыбного филина в мире составляет не более четырёх тысяч особей, в России предположительно гнездится около трёхсот пар. 2