Несколько причин, по которым русские читают Актобе как «Актобэ»:

• Восприятие названия как экзотизма. 1 Из России «Актобе» воспринимается как экзотическое слово, и его хочется прочитать как «Актобэ́». 1
• Сложившийся рисунок чтения. 2 Он идёт от аббревиатур типа «кагэбэ», «фээсбэ» и других. 2 Также на чтение влияет более известный город Душанбе, который читается через «э». 2 То есть носителю русского языка проще подставить в конце букву «э». 2
• Смягчение согласных. 1 В казахском языке, как и в русском, согласные перед «е» или «і» смягчаются. 1 Поэтому в произношении «Актобе» русские могут смягчать «о» по аналогии с казахским вариантом. 1