Русло реки Синано подвержено частым наводнениям из-за сезонного обилия осадков на водоразделе. 1 В центральных районах реки, особенно в бассейне Уоно, количество осадков увеличивается примерно до 2200–3000 мм, при этом 40–50% из них выпадает в виде снега. 1 Сильное таяние снега является причиной значительной части наводнений. 1

Также некоторые районы Ниигаты у устья Синано лежат ниже уровня реки и уровня моря, что является результатом значительного проседания почвы между 1955 и 1975 годами. 25

Для предотвращения наводнений основную роль играют отводной канал Окодзу и плотина Мёкен. 2