Рубское озеро считается уникальным памятником природы по нескольким причинам:

• Реликтовое происхождение. 24 Озеро имеет ледниковое происхождение. 2
• Чистая и прозрачная вода. 23 Прозрачность воды — 3–4,5 м, она слабо окрашена в голубовато-зеленоватый цвет и отличается высоким содержанием кислорода. 23
• Богатый растительный и животный мир. 2 В окрестностях озера произрастает около 650 видов растений, в том числе редкие виды, например полушник озерный, лютик стелющийся и ситняга болотная. 2 В районе озера обитают редкие насекомые, занесённые в Красную книгу. 2
• Лечебные свойства. 25 В озере содержатся сапропелевые грязи, которые обладают лечебными бальнеологическими свойствами. 2