Реку Маныч считают важным природным объектом для сохранения биологического разнообразия по следующим причинам:

• Система водоёмов Западного Маныча. 1 В неё входят пойменные озёра и лиманы, впадающие в реку малые и средние реки. 1 Это важный элемент природного каркаса устойчивости региона. 1
• Расположение водно-болотных угодий международного значения. 1 Здесь обитает множество видов животных, в том числе водоплавающих и околоводных птиц во время размножения, кочёвок и миграций. 23
• Изменение солёности воды. 1 Солёность реки Маныч изменяется от 0,5–1 г/л (то есть пресной воды) в устье до 60–80 г/л (больше солёности Мирового океана) в восточной части Пролетарского водохранилища — озере Маныч-Гудило. 1 Вместе с солёностью меняется и прибрежная растительность, и видовой состав гидробионтов — организмов, приспособленных к обитанию в воде. 1

Кроме того, в долине Маныча проводятся биотехнические мероприятия по созданию благоприятных условий для обитания редких и ценных животных. 4