Реку Клязьму не называют одной из самых чистых в Московской области, так как качество её воды формируется под влиянием промышленных и жилищно-коммунальных сточных вод предприятий городов, расположенных в бассейне. 13

В пределах Московской области это Пушкино, Ивантеевка, Щёлково, Королёв, Ногинск, Павловский Посад и Орехово-Зуево, сточные воды из которых поступают непосредственно в реку. 3 Крупнейший источник загрязнения воды в верхнем течении реки на территории Московской области — Щёлковские очистные сооружения, которые принимают и очищают бытовые и производственные сточные воды. 1

Однако по результатам исследований 2024 года экологическое состояние Клязьмы можно считать удовлетворительным, хотя некоторые показатели всё же вызывают опасения. 2 Например, в 2023 году наблюдалось превышение нитритов, фосфатов и железа в разных частях реки. 2