Река Зея считается важной для судоходства в Амурской области, потому что она судоходна от устья до города Зея. 23 Этот участок протяжённостью 650 км входит в перечень водных путей РФ. 2

Продолжительность навигационного периода составляет 162 дня. 1 Зея входит в список Амурского бассейна внутренних водных путей и относится ко 2-й категории внутренних водных путей, определяющих габариты водного транспорта. 1

До строительства Зейской ГЭС в высокую воду небольшие катера могли подниматься и выше, до села Бомнак. 2 Затруднением для судоходства являлось большое число мелководных перекатов в русле реки. 2

Также Зея используется для сплава леса и водоснабжения. 2