Река Юкон остаётся замёрзшей большую часть года из-за сурового климата, в котором она протекает. 3

Большая часть бассейна реки находится в субарктическом поясе, где зимой наблюдаются экстремально низкие температуры, а летом — высокие (перепады температур от −37 до 38 °C). 12

Кроме того, реку питают в основном талые воды с окружающих горных цепей, и её притоки наиболее полноводны в июне—июле. 1 После этого Юкон заметно мелеет, поскольку объём осадков в его бассейне достаточно низок. 1

Ледостав на реке Юкон продолжается с октября по май. 12