Река Яна считается самой холодной в России из-за резко континентального климата и котловин, где застаивается холодный воздух и происходит инверсия температуры. 1

В бассейне реки Яна расположен так называемый Полюс холода России, где зафиксированы самые низкие температуры в Северном полушарии. 2 Зимой температура в центре бассейна в среднем составляет -51 °C и достигает -71 °C, а в горах температура может достигать -82 °C. 2

Кроме того, Яна замерзает на поверхности в октябре и остаётся подо льдом до конца мая — начала июня. 2 В Верхоянском районе она остаётся промерзшей до дна в течение 70–110 дней, а частично замёрзшей — 220 дней в году. 2