Река Вологда считается одной из самых загрязнённых в Вологодской области из-за значительных объёмов сточных вод, поступающих в неё, а также недостаточной очистки промышленных стоков. 2

Основными источниками загрязнения являются МУП ЖКХ «Вологдагорводоканал» и МУП «Вологдазеленстрой», через систему ливневой канализации которых сточные воды с территории города Вологды без очистки попадают в реку. 1

Наибольшее загрязнение наблюдается в период летней и зимней межени, когда уровни воды достигают минимальных значений, и в период весеннего половодья, когда происходит таяние снежного покрова и смыв загрязняющих веществ с прилегающих территорий. 1

Характерными загрязняющими веществами реки Вологда ниже города являются органические вещества, азот аммонийный, азот нитритный, железо, соединения меди и никеля. 1