Река Томь считается одной из самых чистых рек Сибири в районе Кемерова, где вода в ней относится к первому классу и считается условно чистой. 4 Второй класс она приобретает в районе Юрги, там вода оценивается как «слабо загрязнённая». 4

Однако река неоднородна по степени загрязнения: в верховьях она идеально чиста, а между Новокузнецком и Томском индекс загрязнённости приближается к критической отметке. 1 Это связано с тем, что в неё сбрасываются сточные воды крупнейших промышленных центров, таких как Новокузнецк, Междуреченск, Томск, Кемерово. 3

При этом, по данным радиофизиков Томского государственного университета, изучивших диэлектрические свойства воды в реках Сибири в 2017 году, достаточно чистой была признана Томь в районе Томска. 2