Нельзя однозначно утверждать, что река Шексна считается одной из самых чистых рек России. Однако в 2022 году Департамент природных ресурсов и окружающей среды Вологодской области назвал Шекснинское водохранилище одним из самых чистых водоёмов региона. 5
Оценка качества поверхностных вод проводилась по показателю «Удельный комбинаторный индекс загрязнённости воды». 5 В отчёте за 2021 год самыми чистыми были названы также реки Молога, Кубена, Лежа, Кема, Кичменьга, Юг, Двиница, Куность, Старая Тотьма, Андома, Андога, Чагодоща. 5
При этом в 2001 году в Шекснинском районе проводили исследования качества речных вод и отмечали, что некоторые реки района были загрязнёнными. 1 В частности, негативное влияние на Шексну оказывал приток Филин, в который попадали сточные воды предприятия. 1 Также отмечалась тенденция к обмелению рек, что было следствием вырубки лесов по их берегам. 1