Река Пахра не считается одной из самых чистых в Московской области, так как её экологическое состояние остаётся неудовлетворительным. 23

Гидрологи относят Пахру к 4 классу — «очень грязная». 2 Река сильно заилена, акватория и берега заросли, на берегу встречаются многочисленные навалы мусора. 2

Основными загрязнителями поверхностных вод остаются предприятия жилищно-коммунального хозяйства. 23 Также негативное влияние на состояние Пахры оказывают сельскохозяйственные предприятия, дачные посёлки и промышленные центры (Подольск, Климовск, Домодедово). 1

При этом выше города Подольска у села Кутьино река может быть охарактеризована как очень чистая, а ниже очистных сооружений города — как грязная. 1