Река Неман имеет важное значение для судоходства в регионе, потому что по ней пролегает важный судоходный путь. 2

До 90-х годов прошлого века водный транспорт перевозил грузы от реки Неман по системе каналов, Дейме и Преголе до Калининграда и в обратном направлении. 1 Особенно активно осуществлялись перевозки песка и песчано-гравийной смеси из карьера на реке Шешупе. 1 В городе Советске действовал крупный речной порт. 1

Кроме того, для улучшения условий судоходства русло реки Неман неоднократно подвергалось выпрямлению и сужению, что сделало его более устойчивым. 1

Также река играет роль в экосистеме Куршского залива — благодаря её водному потоку лагуна залива значительно опресняется. 2