Река Хопёр считается одной из самых чистых рек в России по нескольким причинам:

• Незарегулированное русло. 34 Хопёр — одна из немногих рек юго-востока России, русло которой не зарегулировано. 4 Это благотворно сказывается на чистоте реки, так как её уровень зависит только от естественных природных процессов. 2
• Исток из родников. 3 Река берёт начало в Пензенской области из 12 родников с холодной и кристально чистой водой. 4
• Наличие заповедников. 4 Расположенные на реке заповедники (Хопёрский и ГЗ «Приволжская лесостепь») дополнительно охраняют воды от загрязнения. 4

Однако стоит учитывать, что из-за постоянных сбросов грязных вод с промышленных предприятий стоящих на её берегах городов утверждение о чистоте реки часто ставится под сомнение. 2