Река Хатанга судоходна до узла слияния и выше, так как наибольшая водность наблюдается в её верховьях на плато Путорана. 1 Затем к устью этот показатель постепенно снижается. 1

В дельте река разбивается на протоки и рукава из-за влияния многолетней мерзлоты на процесс формирования речной сети. 1 В 220 км от устья река течёт одним руслом, а затем начинает делиться пойменными островами на протоки и рукава. 2 Ниже полуострова Кресты река вновь собирается в одно русло шириной до 1 км с глубинами от 8 до 20 м. 2

Таким образом, судоходство по реке возможно до определённого участка, а в дельте её русло представляет собой лабиринт из протоков и рукавов, что затрудняет движение судов в некоторых частях устьевого участка.