Некоторые причины, по которым региональные Красные книги иногда вызывают критику и неодобрение:

• Отсутствие единых методологических подходов. 2 Сведения в таких документах существенно разнятся между собой, так как составляются в отсутствии чётких требований. 2
• Субъективность и личная заинтересованность экспертов. 2 По мнению отдельных специалистов, некоторые Красные книги нерепрезентативны и не отражают действительности, так как содержат сведения преимущественно о видах, ценных для человека в экономическом, эстетическом плане. 2
• Финансирование. 3 Из-за выделяемых денег несколько организаций могут соперничать за право опубликовать Красную книгу региона, но не у всех есть координаты находок. 3 Из-за этого в некоторых регионах точные данные о местоположении видов становятся ещё более секретной темой. 3
• Подрыв авторитетности как официальных природоохранных документов. 2 Это происходит, когда региональные Красные книги отличаются избыточной оригинальностью содержания и оформления, чрезмерным объёмом. 2

Однако есть и аргументы в пользу региональных Красных книг: они позволяют более точно и разнообразно обеспечивать местную охрану окружающей среды, например, усилить охрану птиц в городах и флоры в арктических регионах. 1