Региональные Красные книги иногда подвергаются критике по нескольким причинам:

• Различия в подходах к составлению. 1 В разных регионах подходы и принципы составления Красных книг могут отличаться. 1 Некоторые авторы описывают растения и животных, не познакомившись с живой природой региона. 1 Другие включают в книги виды, которые, по их мнению, редки, без необходимых исследований и анализа. 1
• Отсутствие чётких критериев. 45 Нет чётко прописанного представления о том, какие организмы могут отбираться для списка редких таксонов. 5
• Проблемы с финансированием. 2 Несколько организаций могут соперничать за право опубликовать Красную книгу региона, но не у всех есть координаты находок. 2
• Утверждения о бесполезности. 3 Некоторые критики считают, что средства, которые могли бы быть использованы на более активную экологическую деятельность, тратятся впустую на бумажную волокиту. 3
• Утверждения о незаконном использовании. 3 Выдвигаются предположения, что местные нелегальные торговцы животными используют региональные Красные книги для выслеживания видов, находящихся под угрозой исчезновения. 3

Однако сторонники Красных книг отмечают, что, несмотря на споры, такие книги стали инструментом инвентаризации редких и находящихся под угрозой исчезновения видов и элементом экологического образования. 2