Разлив реки Лена опасен для населённых пунктов вдоль её течения по нескольким причинам:

• Затопление территорий. 2 Особенно опасны наводнения весной в период ледохода, когда из-за загромождения русла льдом уровень воды может резко подняться на несколько метров в течение короткого промежутка времени. 2
• Размыв берега. 2 Интенсивный размыв берега (более 1 м/год) в пределах селитебных территорий угрожает жилым и хозяйственным постройкам, коммуникациям. 2
• Влияние притоков. 1 Впадение нового притока может усилить волну половодья, особенно если время прихода волны на главной реке и на притоке совпадает. 1

Кроме того, разлив нефтепродуктов, например бензина, может представлять опасность для водоснабжения нижележащих по течению населённых пунктов, если их водозаборы находятся в реке. 3