Почему расстояние между мегаполисами и их пригородами измеряется в квадратных километрах?

Возможно, имелось в виду использование единицы измерения «квадратный километр» (км²) для обозначения площади, а не расстояния.

Квадратный километр — единица измерения площади, кратная квадратному метру, производная единица системы СИ. otvet.mail.ru Это площадь квадрата со стороной в 1 км. otvet.mail.ru

При этом для измерения удалённости объектов в мегаполисах могут использоваться и другие шкалы, например, время, которое нужно, чтобы добраться из одного места в другое. book.etudes.ru