Пышму нельзя назвать одной из самых экологически чистых рек Урала, так как из-за предприятий и прочей хозяйственной деятельности человека река сильно загрязнена. 3

В верхнем течении Пышма принимает хозяйственно-бытовые и промышленные сточные воды Верхней Пышмы, Екатеринбурга, Березовского, ниже по течению — сточные воды Сухого Лога, Камышлова, Талицы. 2

Следствием долговременной эксплуатации предприятий добывающей промышленности, чёрной и цветной металлургии, на которых отсутствовали или плохо работали очистные сооружения, стал высокий уровень загрязнения воды органическими веществами, соединениями минерального азота и металлов. 2

Однако река обладает свойством самоочищаться: её протяжённости в 150 км по Тюменской области достаточно, чтобы значительно снизить загрязнение. 1