Пустыня Сечура считается одной из самых сухих в мире из-за малого количества осадков (20–50 мм в год). 35 Это происходит из-за пассатной инверсии на восточном краю мощного субтропического антициклона, которая затрудняет перенос влаги вверх. 35

Также на засушливость пустыни влияют холодные прибрежные воды и устойчивые юго-западные ветры, которые снижают температуру воздуха на побережье и обуславливают её постоянство. 34

Кроме того, пустыня находится в близости от пустыни Атакама — самого сухого места на планете, что также влияет на малое количество осадков в Сечуре. 35

В связи с этим в пустыне полностью отсутствуют поверхностные воды. 4