Пущино называют экологическим городом, потому что при его строительстве учитывались принципы программы «Экополис». 12 Её цель — создать урбанизированную систему, в которой население интегрировано в процессы биосферы для оптимизации её функционирования на благо человека. 1

Некоторые особенности Пущино, связанные с экологичностью:

• Отсутствие промышленности. 13 С самого начала существования города в нём не было промышленных объектов. 1
• Сохранение природных территорий. 12 В рамках программы «Экополис» вокруг Пущино создали 13 заказников, которые кольцом окружают город и занимают площадь 330 га. 12
• Озеленение. 13 Ещё при планировании города был заложен зелёный каркас: высажено порядка 4 600 деревьев и более 3 000 кустарников. 1
• Взаимодействие с природой. 1 В генплане Пущино была запланирована «буферная зона», отделяющая жилые дома от зданий университетов. 1 В центре жилой зоны расположили бульвар, спускающийся к реке лестницей. 1