Прыткая ящерица считается охраняемым видом в Московской области, потому что её численность сокращается, и вид признан уязвимым. 4

Некоторые факторы, влияющие на уменьшение популяции:

• Уничтожение мест обитания и размножения из-за хозяйственной деятельности человека, распашки земельных угодий, лесных пожаров. 14
• Чрезмерные рекреационные нагрузки. 4
• Истребление домашними и бродячими собаками и кошками. 4
• Загрязнение местообитаний ядохимикатами. 4
• Гибель на дорогах. 34 Многие ящерицы в поисках тепла оказываются на дорожном полотне и не успевают убежать от колёс автомобиля. 3

Прыткая ящерица занесена в Красную книгу Московской области, и изымать её из природы запрещено. 2 Места обитания вида охраняются в нескольких областных заказниках: «Озеро Сосновое и его окрестности», «Черноголовский заказник» и «Черустинский лес». 4