Протокооперация считается выгодной для обеих сторон в экосистеме, потому что она обеспечивает взаимную пользу и эффективное использование ресурсов в природных сообществах, способствуя их функционированию и продолжительности. 2

При этом оба партнёра остаются способными выживать и размножаться в отсутствии этого взаимодействия. 2 Например, при протокооперации между цветком и насекомым насекомое получает пищу — нектар, а цветок в свою очередь обеспечивает опыление. 2

Также протокооперация способствует разнообразию и устойчивости экосистем, так как играет важную роль в эволюции разрозненного сообщества живых организмов в целостную надсистему. 1

Ещё один пример — взаимоотношения рака-отшельника и актинии. 1 У рака-отшельника мягкий панцирь: без помощи актинии, которая выступает защитником его тела, раку довольно сложно выжить. 1 Актиния же не может двигаться — это существенно ограничивает её в пространстве добывания пропитания. 1 За счёт протокооперации у неё появляется больше пространства для охоты и возможность довольно активно передвигаться по территории. 1