Простейших часто рассматривают как ключевое звено в трофических цепях экосистем, потому что они играют важную роль в круговороте веществ и потоке энергии. 2

Вот некоторые причины:

• Высокая интенсивность метаболизма. 1 Она обусловлена малыми размерами простейших. 1 Поэтому они вносят большой вклад в круговорот веществ в биогеоценозе, особенно в круговорот углерода. 2
• Утилизация растворённого органического вещества. 1 Гетеротрофные бактерии и бактериоядные простейшие утилизируют растворённое органическое вещество, что составляет значительную часть пелагического цикла углерода. 1
• Ускорение обновления состава бактериального населения. 2 Простейшие заглатывают и переваривают бактерии, что ускоряет процесс обновления состава бактериального населения. 2
• Участие в расщеплении растительного и животного материала. 2 Растительноядные и хищные простейшие выполняют эту функцию, непосредственно участвуя в расщеплении растительного и животного материала. 2

Кроме того, простейшие служат пищей для различных организмов, например кишечнополостных, некоторых червей, мелких рачков, мальков рыб. 2