Затопление территорий при создании Зейского водохранилища происходит из-за того, что подпёртые плотиной воды разливаются на тысячи квадратных километров. 1 Они затопляют полностью или частично пашни, сенокосы, леса, населённые пункты, промышленные предприятия, дороги, линии электропередачи и связи. 1

Решение затопить лес принимается после всех экономических расчётов: если рубка рентабельна, то лес рубят, если нет — затапливают. 5

Также причиной затопления может быть изменение гидрологического режима. 1 В прибрежной полосе меняется уровень грунтовых вод: они выходят наружу, заболачивая значительные территории, или подступают так близко к поверхности земли, что использование сельскохозяйственных угодий вблизи водохранилища по первоначальному назначению становится невозможным. 1