Несколько причин заиливания природных протоков:

• Маловодье. 1 Например, в Астраханской области это стало причиной заиливания множества протоков в дельте Волги. 1
• Антропогенная нагрузка. 3 В условиях плотной застройки поймы и прирусловой части нарушается водоохранная зона водоёмов, а значительная часть загрязнений оседает на дне русел. 3
• Смыв твёрдых частиц с территории. 3 В условиях антропогенной нагрузки скорость осадконакопления увеличивается, в основном за счёт смыва твёрдых частиц с территории. 3

Например, в дельте реки Или на озере Балхаш (Казахстан) объёмы стока воды, проходящей через различные протоки, из-за их заиливания меняются. 2